De acordo com o ATO DA REITORIA Nº 0546/2020, o Decanato de Pesquisa e Inovação (DPI) possui a seguinte estrutura organizacional:
I Decanato de Pesquisa e Inovação — Decano(a);
II Secretaria Administrativa (SEC-ADM);
III Área de Apoio Técnico e Operacional (ATO):
a) Núcleo de Tecnologia da Informação (NTI);
b) Núcleo de Gestão Predial (NGP);
c) Núcleo de Comunicação e Eventos (NCOM).
IV Assessoria (Assessoria);
V Diretoria de Pesquisa (DIRPE):
a) Coordenação de Acompanhamento e Avaliação de Pesquisa e Inovação (CAAPI);
b) Coordenação de Fomento, Disseminação e Internacionalização da Pesquisa e Inovação (CoFoDIPI);
c) Coordenação de Infraestrutura de Pesquisa e Inovação (CIPI);
d) Núcleo de Apoio aos Comitês de Ética em Pesquisa (NACEP).
VI Diretoria de Apoio a Projetos Acadêmicos (DPA):
a) Coordenação de Análise e Instrução de Projetos (CAIProj);
b) Coordenação de Acompanhamento e Controle (CACProj);
VII Diretoria do Núcleo de Inovação Tecnológica/Centro de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico (NITCDT):
a) Conselho Superior (CS/NITCDT);
b) Assessoria e Secretaria Administrativa (SEC-ADM);
c) Coordenação de Inovação e Transferência de Tecnologia (CITT);
1. Núcleo de Propriedade Intelectual (NUPITEC);
2. Núcleo de Comercialização de Tecnologia e Serviços Tecnológicos (NCST);
d) Coordenação de Empreendedorismo e Desenvolvimento Empresarial e Social (CEDES);
1. Núcleo de Multincubadora de Empresas (NME);
2. Núcleo de Empreendedorismo (NE);
e) Coordenação de Administrativa e Financeira (CEAD);
f) Programa de Pós-Graduação em Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para a Inovação (PROFNIT).